ColoｒEdge CX1/Eye-One Display2/OPTIX XR/Spyder2等のフィルター方式とEye-One Publish/Monitor等の分光分析方式の違いはありますか？

ColorNavigatorで使用する上では設定・操作方法において違いはありません。
但し、Adobe RGB対応モニターの場合は、分光分析方式の方が高精度に測定できますので、こちらをお勧めします。但し、価格はフィルター方式に比べて高くなります。詳細は、各社のHPにて確認して下さい。
CG211などのsRGBの色域のColorEdgeモニターではキャリブレーション精度はほとんど変わりません。