ColorNavigatorを使用してキャリブレーションをする際に初期表示値（デフォルト）のまま行うと、輝度が暗いように感じます。輝度の値を上げても大丈夫ですか？

輝度の目標値を初期表示値より上げてキャリブレーションを行ってもかまいません。
但し、高い輝度を目標値に設定したまま運用を行うと、モニター(バックライト）の劣化が早くなるため、モニターが目標とする輝度に調整出来なくなる時期が早まります。